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云应用案例:圣裘德用云来对抗儿童期癌症

2019-06-23 08:54

  Perry说:“我退职业生活生计中曾经领会到,IS或IT确实不太擅长对他们所做的工作进行推广”,可是,为了让St. Jude Cloud取得顺利,该团队不只有说服内部用户,还要让其它钻研机构的用户置信他们所供给的数据。

  尽管Perry想承认IT团队所缔造的价值,但他也看到了晦气的一壁:“咱们必需认可,作为一个行业,并非所有的价值都由IT内部缔造,IT以外的部分也在缔造价值,这就是竞争关系。”

  圣裘德所做的其他IT孝敬包罗在晚期阶段将消息平安事情纳入项目,从而庇护患者的数据,并让互联网设想团队帮手设想St. Jude Cloud流派。

  这是一个很主要的数据问题。圣裘德记实了5,000多名患者的全基因组序列,每个序列大约占100千兆字节。钻研职员可能只在此中的几个字节内寻找突变或其它遗传标识表记标帜。

  法式员最后将方针锁定在圣裘德的内部钻研集群中,该集群具有6400个计较焦点。一旦该集群预备好投入出产,或即将与其他人共享,那么它就会被移植到云端。

  Perry说,若是圣裘德的计较微生物学系主任Jinghui Zhang和她的团队没有参与的话,圣裘德的这个云项目原来是不成能博得2019年的Digital Edge 50数字立异奖的。

  Perry说:“就云手艺的利用而言,咱们的使命就是建立一个共享的生态体系,该体系不只仅是以文件共享机制为根本,咱们曾经发觉,钻研行业就利用如许的机制。在现无数据的根本上建立东西和计较威力,这才更靠近该体系的素质。”

  接下来就是代码优化:一旦计较生物学团队开辟出一个东西,IT职员就能够加速速率。对付这些岗亭,Perry凡是会寻找有计较科学博士学位并专一于高机能计较的候选人。

  圣裘德儿童钻研病院将基因组数据库移至云端,为世界各地的科学家供给了一个竞争平台。

  这就是圣裘德建立St. Jude Cloud的一个缘由,在这个平台里,钻研职员和其他人可对数据进行托管并进行尝试。

  建立St. Jude Cloud的另一个缘由是圣裘德的集资模式。Perry说:“咱们是一个慈善机构,咱们的事情重点是找到医治方式并救助这些儿童,咱们很是注重这一点。......咱们无奈将本人正在出产的这一数据或正在塑造的观点视作是本人的工具。咱们只是对正在天生的学问进行办理。”

  Perry说:“他们天性够分开并开辟一个没有IT的云框架,咱们本该对此感应懊丧”,可是,IT部分可以大概证实竞争的价值。“咱们能帮他们将所无数据移植到Azure的云端中;这将破费他们相当长的时间。“虽然如斯,Perry的收集团队花了几个月的时间来上传数据并对其进行品质检测。

  Perry说:“咱们已将云计较范式(若是你不介意这么称号的话)整合到一般的消息平安打算中。咱们让一家外面的公司为咱们做渗入测试,咱们曾经放宽对他们的制约,他们能够为所欲为地测试云根本设备。”

  鉴于一起头处置高机能计较(HPC)的博士很是稀缺,内部培训不断是向云端迁徙的环节构成部门。Perry说:“当咱们设置职位时,咱们从外部引进了一批人,但咱们次要仍是但愿用起首参与咱们的任务的人,然后咱们能够教他们若安在云计较行业做出改变。这是一种分歧的头脑。”

  Perry试图确保营销团队一早就参与该项目。他说:“营销团队帮咱们供给简明无力的消息,并使人们在团队加入的各类集会中愈加踊跃自动。他们还无机遇就一些设想特点和流程颁发拙见。咱们的营销传布小组很是棒,由于他们也领会研发集体。”

  Perry说:“他们是如许一群人真正努力于领会高机能计较机的事情道理并努力于理解在此中一台计较机中优化代码的最佳方式,如许的人也很难找到。”

  Perry说,St. Jude Cloud博得外部用户的一种体例是专一于实现价值,而不只仅是传送消息。“咱们在客岁开放该平台时,它曾经有很是丰硕的数据,这是一个与儿科有关的很是复杂的测序数据集,咱们打算添加它的规模。咱们没有做如许的工作站出来说咱们要建立这个平台。相反,咱们站出来说,嘿,咱们曾经建立了该平台,它曾经停当。”

  在设想方面,圣裘德所做的最风趣的工作就是其与本身的营销和沟通团队所展开的竞争。

  圣裘德儿童钻研病院将基因组数据库移至云端,为世界各地的科学家供给了一个竞争平台。当你处置大量的科学数据时,将其全数放入云中可能必要一些时间。

  圣裘德取舍与特地处置基因范畴的DNAnexus竞争,而不是从零起头建立数据共享平台。然后,它起头寻找云供给商,最终取舍了微软的Azure平台。

  圣裘德正努力于绘制儿童期癌症的基因图谱,以此作为寻求医治方式的一部门。圣裘德利用基因测序(大要上所有的DNA)来确定患者的康健细胞和肿瘤的全基因组序列。对两者进行比力(以及对其他患有雷同癌症的患者的基因组进行比力)可认为医治方式带来主要线索。

  Zhang的部分编写的软件从基因组测序仪中获取数据并对其进行处置,以协助钻研职员领会基因组的特性及其所蕴含的所有突变。他说:“她所开辟的东西以及她的钻研团队所开辟的东西确其实环球范畴内获得了使用。”

  Perry说:“医疗行业仍在努力下载数据。但还没有到达必需到云端做计较的临界点,我必需下载数据的心态仍是具有的,虽然咱们正在渐渐消弭这种见地。”

  你若那边置这些测试的成果,这一点很主要,Perry说:“这不是一种赏罚性练习锻炼。而是,“无论这是咱们必要增强的流程仍是手艺,问题在于咱们可否有所发觉,发觉消息范畴的缺口?”所以这对咱们来说是一个很是有用的练习锻炼。

  因为这些儿童期癌症十分稀有,世界各地的钻研职员但愿能比力数据但因为数据太多,很难比力。Perry举了一位钻研职员的例子,他花了六个月的时间下载了一个复杂的数据集并查抄了它的品质,然后又花了几天的时间来进行阐发。

  当你处置大量的科学数据时,将其全数放入云中可能必要一些时间。可是一旦这些数据具有于云端,去世界上任那边所对你的数据进行尝试都很简略你只需下载成果就能够了。然而,让钻研职员接管这种范式改变就能够获得组织内或组织外的竞争伙伴的支撑,正如田纳西州孟菲斯市圣裘德儿童钻研病院的高级副总裁兼首席消息官Keith Perry所领会的那样。

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